১৮৯৯ খ্রীষ্টাব্দে প্লেগের পুনরায় প্রাদুর্ভাব ঘটলেএই রোগের প্রতিরোধের ব্যাপারেসকল দায়িত্ব স্বামীজী নিবেদিতার ওপর অর্পণ করলেন।
এই উদ্দেশ্যে রামকৃষ্ণ মিশন কর্তৃক গঠিতকমিটিতে নিবেদিতা হলেন সম্পাদিকা এবংস্বামী সদানন্দ প্রধান কার্যাধ্যক্ষ। স্বামীসদানন্দকে নিয়ে নিবেদিতা বাগবাজারঅঞ্চলে প্লেগ নিবারণের কাজেঝাঁপিয়ে পড়লেন। বিভিন্ন সময়বিভিন্ন স্থানে প্লেগ সম্বন্ধেবক্তৃতা দিয়ে তিনি মানুষকেএই রোগ সম্বন্ধে সচেতনকরার চেষ্টা করতে থাকেন।সমস্ত বস্তিগুলি পরিষ্কার রাখার দায়িত্ব ছিলস্বামী সদানন্দের ওপর আর নিবেদিতাপ্রতিদিন প্রত্যেকটি কাজ পরিদর্শন করেপ্রয়োজনীয় নিদের্শাদি দিতেন। একদিন তিনিনিজেই ঝাড়ুহাতে রাস্তা পরিষ্কার করতেউদ্যত হলে পাড়ার যুবকগণলজ্জিত হয়ে সেই কাজেরদায়িত্ব নিজেরাই গ্রহণ করে। ঘরেঘরে গিয়ে তিনি প্লেগাক্রান্তরোগীদের সেবা করতেন। এসম্বন্ধে ডাঃ রাধাগোবিন্দ করলিখ ছেনঃ “একবার একজনরোগীর ঔষধপথ্যাদির ব্যয়–নির্বাহার্থে তাঁহাকেকিছুদিনের জন্য দুগ্ধপান পরিত্যাগকরিতে হইয়াছিল। তখন দুগ্ধ ওফলমূলই ছিল তাঁহার আহার।এই সময়ে একদিন চৈত্রেরমধ্যাহ্নে রোগি– পরিদর্শনান্তে গৃহেফিরিয়া দেখিলাম, দ্বারপথে ধূলি–ধূসর কাষ্ঠাসনেএকজন ইউরোপীয় মহিলা উপবিষ্টা। ইনিইভগিনী নিবেদিতা। …সেইদিন প্রাতে বাগবাজারেকোনো বস্তিতে আমি একটি প্লেগাক্রান্তশিশুকে দেখিতে গিয়েছিলাম। রোগীরব্যবস্থা সম্বন্ধে অনুসন্ধান ও ব্যবস্থা গ্রহণেরজন্যই সিস্টার নিবেদিতার আগমন। আমি বলিলাম, ‘ রোগীর অবস্থা সঙ্কটাপন্ন !’ …অপরাহ্নেপুনরায় রোগী দেখিতে যাইয়াদেখিলাম, সেই অস্বাস্থ্যকর পল্লিতে, সেই আর্দ্র–জীর্ণ কুটিরানিবেদিতা রোগগ্রস্ত শিশুটিকে ক্রোড়ে লইয়া বসিয়াআছেন। দিনের পর রাত্রি, রাত্রির পর দিন তিনিস্বীয় আবাস পরিত্যাগ করিয়াসেই কুটিরে রোগীর সেবায়নিযুক্ত রহিলেন। … তিনি স্বয়ং একখানিক্ষুদ্র মই লইয়া গৃহেচুনকাম করিতে লাগিলেন। রোগীরমৃত্যু নিশ্চিত জানিয়াও তাঁহার শুশ্রূষায় শৈথিল্যসঞ্চারিত হইল না। দুইদিনপরে শিশু এই করূনাময়ীরস্নেহতপ্ত অঙ্কে অন্তিম নিদ্রায়নিদ্রিত হইল!” ম্ররত্যুর পূর্বেশিশুটি তাঁকে নিজের মামনে করে ‘মা’ বলেজড়িয়ে ধরেছিল।